GNU es el nombre de un completo sistema de software compatible con Unix y se denominó así, según se afirma en el Proyecto GNU por varias razones: primero, era un acrónimo recursivo de "GNU No es Unix"; segundo, ya existía esa palabra (en inglés GNU significa Ñu), y tercero, porque era divertido decirla (o cantarla)

Se puede encontrar más información en la página dedicada a la historia del proyecto GNU.